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¿Cómo se puede determinar qué parte de una región que flanquea una secuencia de ARN de interés se debe incluir para buscar estructuras secundarias que interfieran?

¿Cómo se puede determinar qué parte de una región que flanquea una secuencia de ARN de interés se debe incluir para buscar estructuras secundarias que interfieran?


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Tengo un conjunto de secuencias de ARN y he estado analizando porciones (es decir, marcos objetivo) de estas secuencias para determinar si se ajustan a ciertos criterios estructurales. Uno de estos criterios requiere que tanto el marco diana de la secuencia de ARN como sus regiones flanqueantes tengan la menor cantidad posible de estructuras secundarias, es decir, que los nucleótidos de ARN que flanquean el corte sean lo más lineales posible.

Usando Python y una serie de ejecutables independientes, he estado calculando la energía libre mínima y las conformaciones estructurales óptimas de las secuencias de ARN y sus regiones flanqueantes (consulte aquí para obtener más detalles: http://math.mit.edu/classes/18.417/ Slides / rna-prediction-zuker.pdf), pero me di cuenta de que hay un pequeño contratiempo en mi enfoque actual. Es decir, determino las estructuras secundarias de las regiones flanqueantes como si fueran secuencias aisladas de mi marco objetivo de interés. Ahora, dado que el todo es más que solo la suma de sus partes, no sé si las estructuras secundarias que se determinan cuando la región flanqueante se examina por sí sola versus cuando se examina la región flanqueante incluyendo una parte o el objetivo completo marco es el mismo.

En este momento, mi código evalúa 20 nucleótidos hacia arriba y hacia abajo del marco de destino como las regiones flanqueantes, pero ¿debería yo, por ejemplo, evaluar 20 nucleótidos hacia arriba y hacia abajo más algunos nucleótidos de mi marco de destino? En este momento, mi marco objetivo tiene una longitud de 120 nucleótidos, por lo que podría valer la pena considerar 10 o 20 nucleótidos de mi marco objetivo que están unidos a las regiones flanqueantes. Pero no estoy seguro de cuántos nucleótidos de la longitud de mi objetivo deben considerarse para que el número de estructuras secundarias sea consistente en las regiones flanqueantes. ¿O es este enfoque de alguna manera defectuoso?


Ver el vídeo: Estructura secundaria proteinas (Febrero 2023).